遇管制藥品破損、變質或過效期，則依 「各單位破損、變質、過效期麻醉及管制藥品處理流程」方式處理：
一、藥局方面：
1.按月收集各病房所退破損、變質或過效期管制藥品與「麻醉及管理藥品銷帳記錄憑單」，另案登錄簿記，並集中保管於保險箱內。於每月清點時，由藥劑科主任指派非直接保管人會同政風室會驗，簽章認證後，交由藥局調劑科負責藥師彙整；累計達一定數量後，連同藥品報嘉義市衛生局會同銷燬，並列報支出。管制藥品負責藥師則保留核報憑證影本，作為藥局報繳麻醉及管制藥品之憑據且視同管制藥品處方，與登錄簿共同保留五年，存案備核。
2. 如管制藥品短少或不足時，藥局藥師應立即依「管制藥品短少或不足作業辦法」進行通報，並應立即報請嘉義市(縣)衛生局查核，並自減損之日起七日內，將減損藥品品量，檢同嘉義市(縣)衛生局證明文件，向管制藥品管理局申報。其全部或一部份經查獲時，亦同。管制藥品減損若涉及失竊、遺失、或刑事案件時，應保留現場，立即向派出所報案，並取得報案之證明文件，申報時需提出此證明文件。

二、病房方面：
各病房請繳至藥局，按照下列方式報繳：請參閱上圖 (各單位破損、變質、過效期麻醉及管制藥品處理流程)
1. 病房護理長填寫 「臺中榮總嘉義分院麻醉及管制藥品銷帳記錄憑單」如附檔，將核銷藥品以由任袋封裝釘於憑單右上角；護理長用印後於正常班上班時間內，將藥隨憑單視同處方送至藥局簽收。
2. 藥局藥師於該記錄憑單上簽章核收藥品，加註"藥已收"字樣，且需登錄簿冊，但不列藥局收入帳目；影本交還原報繳單位存查，並作為單位護理長調帳憑證；麻醉及管制藥品銷帳記錄憑單視同管制藥品處方，保留五年，存案備查。